砧木的一致性对提高芒果产量和品质是很重要的，过去强调采用单胚品种作砧木，但单胚苗是有性苗，生长表现差异很大，果园内不同植株生长和产量的巨大差异很可能因砧木而引起。因此，应经过试验后选用多胚品种的种子培育砧木苗。
当芒果砧木苗生长至高45厘米、在25厘米高处粗度达到1厘米以上时便可嫁接。一般在每年的2～5月和8～10月进行嫁接。根据砧木粗度的不同，采用不同的嫁接方法。较小的砧木采用合接法；砧木粗度大于接穗的，可采用切接法；更粗大的老砧木，可用芽片贴接法。砧木的选择优良的砧木应具备：
1、抗病虫害强。
2、种子来源容易，繁殖生长快速。
3、嫁接亲合力强。
4、能适应当地的气候环境。
5、嫁接后果实品质不会劣变及产量不会减低等条件。目前以在来种品种为最佳，现在种苗圃所用的砧木约有90%都是在来种。嫁接用的砧木以1～2年生茎粗1cm直径的苗木为最佳，因发育快速，嫁接成活率高。如果在七月播种，生长良好的幼苗到次年三月时，其生育期约250天左右即可用做砧木。
芒果和枇杷是不可以嫁接的，芒果果属于漆树科而枇杷属于蔷薇科植物，两者之间血缘关系较远，不具备良好的亲和力。嫁接砧木的选择，一般都要选同科同属的植物，才具有良好的成活率。
