没区别，马来语跟印尼语是同一种语言。是马来西亚和文莱的官方语言，也是新加坡的官方语言之一。
有广义和狭义两种含义。广义上的马来语泛指属于南岛语系印度尼西亚语族的诸语言；狭义上的马来语指一种使用于马六甲海峡附近地区的语言。狭义上的马来语在语言分类上属于南岛语系的印度尼西亚语族。
一、细微差别
马来语和印尼语之间的差别，可以类比为英式英语和美式英语之间的差别。使用这两种语言的人基本上是可以彼此沟通的，只是在书写系统的拼音和语汇上有一些差异。造成这种差别的主要原因，是由于印尼语从爪哇语和荷兰语中借用了不少词汇。
比如说，马来语中的“邮局（post office）”是“pejabat pos”，但是印尼语中的“邮局”则是“kantor pos”，这是借用“kantoor”这个荷兰语 --- 荷兰语中的“办公室（office）”--- 而产生的词汇。
二、词汇特点
马来语属于马来-波利尼西亚语族。从14世纪开始，随著越来越多的马来人阪依伊斯兰教，他们开始使用一种叫作Jawi的阿拉伯字母书写体。19世纪，英国人基于拉丁母设计了现在普遍使用的马来文字，而印尼文则是由荷兰人设计的。
除了拼写之外，印尼文和马来文的区别不大。马来语的语法与西欧语言有著根本的不同。马来语没有词前缀和词后缀，属于分析语。而相应的功能则由附加单词来实现。
而名词的复数形式则由简单的将该名词重复说两次来实现，比如，"rumah-rumah"的意思就是"houses"。而跟在数词后面的名词又恢复为单数形式，并且添加了一个数量单位，有些类似于英文"seven head of cattle"的结构。
