原因：
1.山川布局：因为澜沧江—湄公河的山河分布主要是山川相间，导致河道较窄，尤其上游河段两岸陡峭，河内浅滩、暗礁密布。
2.落差较大：澜沧江—湄公河地区的上游与下游的落差较大，水流湍急，不利于航行。尤其是逆流行船非常难，非常慢，顺流航行时船速不好控制，触礁事故较多。
3.下游国家不配合：澜沧江—湄公河的区域国家，除泰国发展较快以外，其余国家发展较慢，因此，下游国家的航运需求不是很旺盛。由于中国单方面的航运需求很旺盛，曾向下游国家发出共同建设大湄公河区域的信号，但下游国家航运需求量低。
4.生态原因：澜沧江—湄公河区域是卡斯特地形地貌区，地形地貌非常复杂，尤其中国境内的上游河道，暗流、暗洞、暗礁、陡坡、急弯等险状多如牛毛，因此，对航道的开发带来的难题非常多。
5.季风影响：受印度洋的西南季风影响，澜沧江—湄公河地区的河水的丰水期与枯水期较为明显，冬季河水流量不足，影响河道宽度，夏季河水暴涨，河道超宽，航道定位较难。水流不稳定是航行的大敌。
6.人的因素：湄公河流域多是三不管或军阀控制的地区，民族众多，政治治安环境较乱，惨烈的“湄公河惨案”就发生在这里。基础设施落后，加之下游多是不发达国家，不会投入大量资金建设，不利于大规模的货物运输与经济交流。
