曾母暗沙名称的由来要从明朝初期郑和下西洋说起，明朝初期，太监郑和曾率领庞大的舰队七下西洋，曾以纳土纳群岛（今属印尼）作为庞大舰队的沿途停泊站和补给点，并在纳土纳群岛有大批人员驻守，当时的郑和船队曾在此建设营房等，平时从事捕鱼、补给过往船只等活动，类似如今的定居点。当时称此为“万生石塘屿”。下西洋曾在朱棣过世后暂停，在明宣宗最后一次下西洋结束后，船队官员在上奏朝廷请示是否放弃驻守“万生石塘屿”时，宣宗皇帝赐字“万生屿，安不纳”，这里也就被称为“安不纳岛”。
注释：在南海地区，中原王朝是整个南海的率先发现者、实际控制者和拥有者。纳土纳群岛在明朝时期确实也在中国的管辖范围内，但是在十六世纪被荷兰殖民占领，后来多次被抢夺。最后在印尼联邦成立后，荷兰把这个群岛主权移交给了印尼，至今这个群岛一直是印尼实际控制。2015年11月12日，外交部记者会上，时任外交部发言人洪磊表示：“纳土纳群岛主权属于印尼，中方也没有表示异议。”
此后，以曾沅芳为代表的船工，带着皇帝手谕及各自家眷上岛住了下来。史料记载曾沅芳的妻子活到了90多岁，这位德高望重的老妇人被大家尊称为“曾母”，曾母代表“安不纳岛”与朝廷保持联络。正是因为如此，纳土纳群岛西部的一组岛屿被叫作“曾母西群岛（印尼称‘亚南巴斯群岛’）”，将南部的一组岛屿也称为“曾母南群岛（印尼称‘淡美兰群岛’）”，曾母暗沙也是以其名字命名的。1947年，中国国民政府变更其名称为曾母暗沙。1983年4月25日，中华人民共和国中国地名委员会公布其标准化地名，仍为曾母暗沙。
暗沙的意思是水下的暗礁，曾母是中国商朝时期的一位伟大的女性。因此，曾母暗沙就是用先人的名字对国家领土进行命名。
为什么叫曾母暗沙 明宣宗时期，广东潮汕人曾沅芳带着皇帝手谕及家眷在安不纳群岛住了下来。因曾沅芳是受皇帝谕旨住守安不纳岛，曾沅芳的妻子因此一直到90多岁后还享有极高荣誉，被尊为“曾母”。 人们以她的名誉，将“安不纳群岛”西部的那组岛屿，称为“曾母西群岛(亚南巴斯群岛)”，将“安不纳群岛”南部的那组岛屿，称为“曾母南群岛（淡美兰群岛）”等等。
1946年，我国收复南沙、西沙群岛时把这个安不纳群岛以东未露出水面的小礁石叫做曾母暗沙。
