叛变的背景设定在1751年,北美、法国、印第安人之间的关系紧张,时局动荡。原本是刺客的谢伊因为刺客组织的错误引导,而导致了一座城市的毁灭,他本人愧疚万分。随后谢伊便成了一名圣殿骑士,不断猎杀先前兄弟会的成员们,与之做斗争。
最后阿基里斯终于明白了谢伊是正确的,那个碎片装置是一个让地球不至于崩解的东西,而不是控制世界的武器。
最后阿德瓦勒、连恩,接连被谢伊杀死。阿德瓦勒是和海尔森争吵的时候被谢依杀死,阿基里斯和海尔森战斗失败,谢伊让海尔森放过了他,意识是只要阿基里斯会去告诉刺客这个碎片的真相,刺客就不会继续下去了。但是海尔森不甘心的一枪打在了阿基里斯的膝盖上
故事的主线在谢伊杀掉了查理斯(大革命中亚诺的父亲)后告一段落。