《盗墓笔记》蛇母陵墓是单独的一部。蛇母陵墓是一个虚构的故事，在这部电影中也没有讲蛇母是怎样让蛇种出生的。只是从电影中得知，蛇母有一个装蛇种的盒子，所有的蛇种都是来源于这个盒子。蛇母陵墓就是蛇母命令武生建造的，是用来存放蛇种的地方。
影片中的蛇母在千年之后复活，盒子里存放的蛇种就会苏醒。蛇母想利用这些蛇种统治世界，所以影片的故事就是围绕着这个中心主题来展开的。影片中的男主角吴邪是一个有特殊身份的人，他的家族从祖上开始一直从事盗墓的职业。因为在一次家族的探险活动中，偶然获取了一个特殊的青铜器，所以他们找到了西域蛇母的藏身古国。
在这个古国中还有许多不为人知的神秘之处。古象王与蛇母一直追求的就是不死之术，蛇母费劲周折就是想要利用蛇种统治整个世界。吴邪在张起灵的帮助下进入蛇母陵墓，在这里他们发现了许多蛇种，也找到了正在苏醒的蛇母。
吴邪和张起灵一起协力破坏了蛇母利用蛇种的计划，蛇母也在他们的齐心协力下灰飞烟灭。影片的最后留下了一个悬念，这一切只是吴邪对一个作家讲述自己经历的故事。但是作家却发现在这个故事中有许多可疑的地方。究竟这个故事是真实存在的，还是吴邪的臆想，随着吴邪的离开，一切都变成了一个悬念。
