节瓜的主要虫害有蓟马、蚜虫、烟青虫、美洲斑潜蝇等。其中,尤以蓟马为害最为严重。由于其虫体细小,早期难于发现,防治不及时,极易造成损失。蓟马幼虫、成虫均为害植株。它以锉吸式口器锉吸节瓜心叶、嫩芽及幼果的汁液,使被害植株心叶不能张开,嫩芽、嫩叶卷缩。
节瓜的主要病害是疫病和炭疽病。
疫病能侵害茎、叶和果实,以蔓茎基部发病较多。幼苗近地面茎基部发病时,初呈暗绿色水渍状,病部缢缩,其上部的叶片逐渐枯萎,最后全株死亡;节部被害而缢缩,造成枝叶枯萎;叶部被害,产生水渍状近圆形大斑,湿度大时,病斑迅速扩展至全叶而腐烂;果实被害呈下凹水渍状斑块,并很快扩展至全果而呈软腐状,表面长出稀薄的白色霉状物。