一、先打一盆清水，最好是温水，不要太热，30度左右吧。然后把要清理的凤眼菩提子手串扔到水盆里，等待它完全慢慢的沉入水底后，就不用管它了。在里边浸泡上10几个小时吧。
二、十几个小时甚至一天后，拿出来，两个人一人抓一头把凤眼串拉平(如果只有自己的话，可以找一个木板，一头顶上钉子来代替另外一个人)，拉平后，用钢丝刷以垂直角度平刷，刷的时候不要把刷子狠狠的压在珠子上，而是应该像我们用扫帚扫床上的渣子一样的方法。这样可以使珠子转动起来，以保证每个地方都能刷到。刷十几下把凤眼菩提子手串转转，以保证离手近的那部分也能被刷到。
三、刷完后，把凤眼菩提子手串在扔回水盆里，用手使劲搅，让刷下来的渣滓洗下来。搅完后，再换一盆温水，泡上几个小时候，用硬毛刷像第2步那样刷一下刷。
四、觉得基本干净了，就可以拿出了，如果你是买了几条精选，那这个时候把绳子剪断，让珠子全都放到水中，观察，变得黑红暗红的留下，那些还是很黄的就跳出来吧，很大可能是糠籽了。如果单是1条，也没关系。
五、把留下的捞出来放到一块干布上，然后兜起来使劲甩一甩，用手隔着布轻轻搓一搓，这样是为了把大部分水甩到揉到布上，感觉布很湿了，就换到另外一块干布上，用手平揉珠子，这样几次后，珠子表面的水分就基本干了，可是渗透进内部的水石不可能完全弄出来的。
六、弄完后，找一个容器，把珠子全放进去，阴干则可。
