主要区别有：科目分类不同、形态特征不同、生活习性不同。
具体如下：
一、科目分类不同
1、燕子鱼
燕子鱼又名斧头鱼，属脊索动物门、脊椎动物亚门、脂鲤目、胸斧鱼科。
2、神仙鱼
神仙鱼又名铁饼、七彩燕，属脊索动物门、脊椎动物亚门、鲈形目 、慈鲷科。
二、形态特征不同
1、燕子鱼
体长一般5～6厘米，体形别具一格，头小，眼大，侧扁，从头沿脊背至尾柄较平，口吻部向下，腹部很大，成弧形往上收，形似一把刀或一把斧头，故名斧头鱼。
2、神仙鱼
鱼长约15-20cm，身体侧扁，彩虹般的红蓝条纹成扭曲状遍布全身，像一块巨大的玛瑙。七彩神仙鱼的背鳍及腹鳍亦特别发达，身上的花纹可一直延展到鳍上。尾部呈扇形，无色透明。
体色受光照影响产生变幻，光暗时体色深暗；光线明亮，则色彩艳丽丰富，条纹满身。体和鳍难以分辨，酷似田径场上的铁饼，故英文名其为“铁饼”。
三、生活习性不同
1、燕子鱼
燕子鱼性格温顺，喜欢在水的上层活动，有群游性。偏好弱酸性软水，适宜水温为23～30℃，食性杂，以动物性食物为主，小型活饵，水中、水面的小型昆虫以及人工饵料均能摄取。
2、神仙鱼
神仙鱼属高温高氧鱼，对水质和饵料要求苛刻，要求弱酸性软水，在弱碱性水中难以存活。要求水质稳定、洁净，含氧量丰富，光照适宜，水温年保持在26℃～30℃。该鱼好食动物性饵料和活饵料。除天然活饵料外，切碎的牛肉、瘦肉、鸡心、鱼虾肉、面包虫等均可投喂。
