有以下4种结构模式:
1、螺旋-转角-螺旋结构模式,其中羧基端α螺旋为识别螺旋,直接同靶DNA大沟的碱基专一结合,另一α螺旋则与DNA中的磷酸戊糖骨架发生非特异性的结合。
2、锌指结构模式,其中一小群氨基酸与一个锌原子结合,形成独立的一个结构域。该结构共同特点是锌作为活性结构的一部分,通过α螺旋结合到DNA螺旋的大沟中。
3、亮氨酸拉链结构,反式作用因子羧基端约35个氨基酸形成α螺旋,每隔6个氨基酸就有一个亮氨酸残基,使亮氨酸能拍成一行,出现于螺旋的同一方向。两个蛋白质形成二聚体以碱性的富含亮氨酸区与DNA结合。
4、螺旋-环-螺旋结构,螺旋中又以亮氨酸为主体形成的疏水面何以亲水性氨基酸形成的亲水面,这样有助于形成二聚体。α螺旋N端附近氨基酸也有碱性区,可以与DNA结合