由于岩石风化等作用,磷被释放出来,通过降水成为磷酸盐,被植物直接从土壤或水中吸收,合成自身所需物质,然后通过植食动物和肉食动物在生态系统中循环,同时经过排泄物和动植物残体的分解作用,又成为无机离子,回到环境中,再次被植物吸收,继续循环。
在陆地生态系统中,部分含磷有机物被细菌分解为磷酸盐,回到土壤中重新被植物利用;部分在循环中被分解者合成为微生物体的组成部分;还有一些则随水进入海洋和湖泊,在水中进行水域生态系统中的磷循环,一部分磷以钙盐的形式沉积在深海,由于磷不具有挥发性,它没有再次回到陆地的有效途径,所以磷循环是不完全的循环。