片中有真狼,并以此为范本进行部分取景、拍摄和特效制作。狼种于哈尔滨野生动物园发现并购得,数量十几只,并为纯种的内蒙古草原灰狼狼崽。
部分镜头所使用的均为道具,用30人左右的特效团队,耗费8个月先后制作了30多只狼、40多只黄羊,还有10多匹马。
《狼图腾》中的特效主要用到了两种技术,即电脑特效和动物仿真技术。而其中的动物仿真技术又分成两部分,一是道具拍摄,一是实景拍摄;两者拍摄完成以后,利用电脑技术合二为一,就有了以假乱真的画面。
狼马大战作为重头戏,在拍“马踢狼”时,真马踢假狼;而拍“狼咬马”的时候,真狼咬假马。制片人王为民笑言:“把马屁股搁在车上,马尾巴上抹上狼喜欢的味道,它们就会跳起来追着咬。”