浮萍活体材料的保存方法目前主要有水培法、底泥沉积保存法、人工气候箱-固体培养基无菌保存方法。
常规的水培法在培养几天后，极容易感染以丝状绿藻为主的各种藻类。藻类附在浮萍表面的藻类很难去除，影响浮萍生长。
底泥沉积保存法是将浮萍用池塘的底泥包裹，存于水底，春天来临时，将其取出培养的方法。在将浮萍用于养殖材料大规模培养时，多在秋天将其存入底泥，春天自行生长繁殖。该方法比较简便，但取用正常形态的浮萍植物材料时，需要培养至少两个星期的时间，该培养方法常常受自然生长季节的限制，在后来的水体培养中，仍然容易感染绿藻。
人工气候箱-固体培养基无菌保存方法能够满足精细实验的要求，但该方法需要定期转培养，对管理人员的技术要求较高，管理程序较为繁琐，且对人工气候箱等仪器的依赖性较强，材料保存成本较高，也不易扩大保存量。尤其是近年的研究发现，固体培养基保存的浮萍因适应于这种营养富足、水分较少的环境，其形态特征已完全改变，无法直接观察浮萍的自然形态，也无法直接获得自然生长状态下的生理生态和形态指标(液体培养基)。对于急需观察浮萍自然生长的生物学特征等研究项目，需要将浮萍从无菌培养基中取出，用液体进行培养，但在培养过程中，又容易感染绿藻。
