第一次，北周。今日少林寺内有座唐人立写的《少林寺碑》，上面记载：“周武帝建德中，纳元嵩之说，断释、老之教，率土伽蓝，咸从废毁。”可见这次灭法，少林寺被破坏的十分严重。
第二次，隋朝。在少林寺网站的寺院历史大事记中，列有这样一条：“大业十四年，天下大乱。少林寺为山贼所劫，塔院被焚，灵塔尚存。”隋代大业末年，“群贼以火焚之，不燃，远近珍异”。唐人的《少林寺碑》上也记载：“大业之末，此寺为山贼所劫，僧徒拒贼，遂纵火焚塔院，院中众宇，倏焉同灭。”
第三次，民国。1928年春天，吴佩孚集团军阀樊钟秀，与冯玉祥的部将石友三展激战。3月15日，石友三打败樊部后直接占领了少林寺。根据记载，石友三便一把大火点燃了法堂。第二天，又将天王殿、大雄殿、紧那罗殿、六祖殿、阎王殿、龙王殿、钟鼓楼、香积厨、库房、东西禅堂、御座房等殿宇统统悉数付之一炬。一时间，在山野中即能遥望寺院惨状。除了殿宇，这次大火毁坏掉的少林珍宝不计其数，包括寺内被皇封的“五品树祖”、经卷、《少林寺志》木刻版、魏齐造像碑、达摩面壁影石等等全未幸免。这次大火是自隋唐以来少林寺所遭受的最惨重的一次。
第一次 北周
第二次 隋朝
第三次 唐代
最严重的一次是1928年
少林寺最严重的一次劫难则发生在1928年，它给少林寺带来的灾难史无前例的：1928年春天，吴佩孚集团军阀樊钟秀与冯玉祥的部将石友三展开激战，樊钟秀曾把部队驻扎在少林寺内，3月15日石友三打败樊部后直接火烧少林寺。据载，石友三从登封城内运来煤油，涂抹在少林寺内建筑上后炮轰点燃，少林寺大多殿堂焚毁，“藏经阁前所有建筑和一些重要文物均被烧毁”。
