芹菜相比其它叶菜类，生长时期长，需肥量也比较多。在施肥时，以底肥为主，占总用肥的4/5，所以在施肥时，氮磷钾使用充足，剩下的要分次追肥。根据芹菜的需肥规律来说，在苗期需要氮和磷，后期需要的氮和钾较多。
芹菜底肥中，可以用有机肥和化肥相结合，有机肥要充分腐熟，避免烧根。同时加上复合肥每亩用100斤，满足芹菜前期生长，后期再根据芹菜生长情况追肥，主要以氮肥和钾肥为主。施用有机肥能提高芹菜的品质，减少粗纤维，不用担心缺肥，中等肥力的土壤可以按照这个方法施肥。
还有一个比较省钱的底肥配方，而且效果也不错。每亩用鸡粪1000斤，然后用过磷酸钙80斤，钾肥20~30斤。因为鸡粪中含氮量高，不用再另施氮肥，后期追肥时，看植株的生长情况来决定，以氮肥和钾为主。芹菜苗期需要磷元素，缺磷时，幼苗瘦弱，过磷酸钙补磷又补钾。一般磷肥要一次性施足，而氮和钾要在底肥中施足，后期再追肥，防止一次性使用过多，抑制其它元素的吸收，出现空心、裂根等问题。
另外，有缺硼、缺钙的地块，芹菜生长过程中会有空心、株裂的情况，严重影响芹菜的品质。底肥中可以用1~2斤硼砂，过磷酸钙80~100斤。通过底肥中补充硼和钙，相比后期追施更省事，提高芹菜的产量和品质。
芹菜在施肥时，要注意几个问题，第一，底肥中的用量要充足，尤其是氮肥和磷肥。第二，底肥中的磷肥最好施用过磷酸钙，补充磷肥的同时，又能防止缺钙。通过这种施肥方法，保证芹菜的生长和品质，而且还能节省成本。
在芹菜定植前，结合整地每亩施入腐熟的有机肥3000-4000公斤，鸡粪100-200公斤，缺钙的土壤，每亩施石膏60-70公斤，硼肥1-2公斤（或者在芹菜旺盛生长期喷施0.05％-0.1％的硼酸溶液25公斤，或者0.1％-0.3％的硼砂溶液25公斤）；在定植缓苗后，每亩追施朱丽叶10公斤+罗密欧10公斤；10-15天后，追施朱丽叶10公斤+潘多拉10公斤；再间隔10-15天后，追施潘多拉15-20公斤。
方案二、在芹菜定植前，结合整地每亩施入配方肥（建议配方N-P-K为15-5-25，钾肥为氯化钾型）100-200公斤，EB核心包100-150公斤，缺钙的土壤，每亩施石膏60-70公斤，硼肥1-2公斤（或者在芹菜旺盛生长期喷施0.05％--0.1％的硼酸溶液25公斤或者0.1％--0.3％的硼砂溶液25公斤）；在定植缓苗后，每亩追施朱丽叶5-10公斤+罗密欧10公斤；10-15天后，追施朱丽叶5-10公斤+潘多拉10公斤；再间隔10-15天后，追施朱丽叶10公斤+潘多拉10-15公斤。
方案三、在芹菜定植前，结合整地每亩施入配方肥（建议配方N-P-K为15-5-25，钾肥为氯化钾型）150-200公斤，配肥核心包100-120公斤，缺钙的土壤，每亩施石膏60-70公斤，硼肥1-2公斤（或者在芹菜旺盛生长期喷施0.05％--0.1％的硼酸溶液25公斤或者0.1％--0.3％的硼砂溶液25公斤）；在定植缓苗后，每亩追施朱丽叶10公斤+罗密欧10-15公斤；10-15天后，追施朱丽叶5-10公斤+潘多拉10-15公斤；再间隔10-15天后，追施潘多拉20公斤。
