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旧石器时代,漠河已有远古人类居住。两处出土的文物证明,漠河市当时的远古人类处于母系社会阶段,过着原始的渔猎生活, 并形成聚落定居。
漠河市地势南高北低,南北呈坡降趋势。东西两翼凸起, 呈对称状态。北部沿嫩漠公路北侧长梁亦呈凸起。中心以西林吉镇周围地带为低,全市最低处在东北部,位于兴安乡的额木尔河入江口处。最高处在东南部的白卡鲁山。南部中山地带分布于阿木尔河、老潮河、大林河上游,平均海拔高度为1000米,高点白卡鲁山位于境内东南部,高达1397米;北部平均海拔600米东部与西部平均海拔为800米;中部平均海拔为600米:东北部最低处海拔为200米。全市地貌形态趋势为四面隆起,环绕中部一片绿洲。