被项羽杀死。
子婴即位四十余日后,刘邦首先进入关中,到达灞上后劝子婴投降,并得到子婴的同意。子婴用绳绑缚自己,并携同皇帝御用的玉玺和兵符等,亲自到刘邦军投降。秦朝在子婴投降的一刻正式结束。刘邦没有处死子婴,而是把他交给随行的吏员看管。不久,项羽亦率领大军到达关中。刘邦因无力抗争而撤退。项羽进入咸阳城后,立即杀死子婴,并进行了大屠杀,秦朝累代之积至此一炬而尽。
《史记卷六·秦始皇本纪第六》记载: 子婴为秦王四十六日,楚将沛公破秦军入武关,遂至霸上,使人约降子婴。子婴即系颈以组,白马素车,奉天子玺符,降轵道旁。沛公遂入咸阳,封宫室府库,还军霸上。居月馀,诸侯兵至,项籍为从长,杀子婴及秦诸公子宗族。遂屠咸阳,烧其宫室,虏其子女,收其珍宝货财,诸侯共分之。灭秦之后,各分其地为三,名曰雍王、塞王、翟王,号曰三秦。项羽为西楚霸王,主命分天下王诸侯,秦竟灭矣。后五年,天下定於汉。