主要区别有，制作工艺不同，保存期不同，口感不同，具体如下：
一、制作工艺不同
1、水豆腐
采用石膏或卤水作凝固剂制作。
2、内脂豆腐
以葡萄糖酸内酯为凝固剂制作。
二、保存期不同
1、水豆腐
常温保存5-6小时。
2、内脂豆腐
内酯豆腐生产采用了加热凝固方法，有一定的杀菌作用，封闭式的包装也防止了二次污染。内酯豆腐在室温为25℃时可保存两天不变质。
三、质地口感不同
1、水豆腐
南豆腐用石膏点制，因凝固的豆腐花含水量较高而质地细嫩，水分含量在90%左右。
北豆腐多用卤水或酸浆点制，凝固的豆腐花含水量较少，质地较南豆腐老，水分含量在85%左右，但是由于含水量更少，故而豆腐味更浓，质地更韧，也较容易烹饪。
2、内脂豆腐
以葡萄糖酸内酯为凝固剂，质地明显要比北豆腐和南豆腐嫩滑与细腻。
不同：
制作方法：内酯豆腐是以葡萄糖酸-δ-内酯为凝固剂生产的豆腐，水豆腐是以卤水或者石膏作为凝固剂生产的豆腐。
营养成分：内酯豆腐含有更多的蛋白质，水分含量高。
口感不同:内酯豆腐的口感更佳润滑。
食用量不同：内酯豆腐因为含有更多的蛋白质，所以不可以过多食用，食用过多可能引起消化不良，肾功能衰退，促使动脉硬化形成，导致碘缺乏，促使痛风发作。
