两家有战略合作关系的公司可以相互替对方开发票吗

不能，战略合作只是企业资源互相利用，比如奢侈品公司一起做广告，比如研发资源互相整合，一起解决重大技术难题。但是这样并不改变单位独立法人的熟悉，财务每个单位是独立的，工商注册和税务注册都是独立的，当然开票也是独立的。