开场晴明跟师父在极寒之地封印一条巨蛇，这个场景非常精彩，希望大家不要错过，师晴明和师兄弟的战斗力不够，师父为了保护晴明中了巨蛇的招数，师父的式神念了一句“此生无悔，侍奉为荣”，自爆冲入巨蛇嘴里跟巨蛇同归于尽了。
师父坐在冰雪里，也就是预告片里王子文看到师父的场景。师父告诉晴明，你要让世人记住你的名字，你的名字叫阴阳师。去东方吧，去消灭巨蛇，巨蛇被封印在京城皇后体内，然后师父去世了。
画面转到晴明坐着小船进入了东方主城，邓伦饰演的博雅在某一处房顶上吹笛子。此时博雅与晴明一同发现有妖物，一起现身于妖物面前，妖物抱着一把琴说这是与他相爱之人的琴，博雅不听，坚持要杀他。
晴明说琴还给宫内，请不要杀他，博雅“人可以，妖不行。”两人打起来，晴明用琴跟博雅打斗，场景比较精彩，妖这时候逃走，最后博雅被晴明传送到了天上，博雅手里握着那把琴。
逃走的妖物在一处角落叫住了晴明，很感动第一次有人说妖也有情，做了晴明的式神。
晴明跟博雅进入了给除妖师准备的院子，鹤守月与另一位苗疆的除妖女泷夜，也叫阿泷出现，此时一共四位除妖师见面，还有一位长老已经睡下。
鹤守月负责接待大家，请大家准备入睡。这个时候阿泷丢出蛊虫，鹤守月说不必如此，院子与皇宫有他设下的结界，称不会有妖物进入。博雅进入房间后看到有蛊虫，没有多管，晴明进入房间后发现房间内有风铃，笑了一笑。
第二日早晨早睡的长者已死，脖子上有红色大片御痕，是妖物所为，这个时候王子文饰演的公主出现，质问怎么回事。阿泷端出一盆大蝌蚪（就跟鱼一样大的蝌蚪），可以识别哪里有妖物，鱼向晴明汇聚，传说中晴明是妖狐之子，博雅却说不是晴明杀的人，因为昨夜他在晴明屋内安置了风铃偷听，他一夜没有动静。公主说还是不能排除嫌疑。晴明在自己腰部掏出一个小虫子，说鱼之所以指认他为妖物是因为这个事先放在他身上的小虫子，博雅拿走小虫看了看，鱼果然跟着他手中的虫子在走。
晴明无意提到自己的师父忠行，那些蝌蚪忽然向公主方向汇聚，阿泷解围说这些鱼也不一定完全准确。
画面转向晴明在博雅房门口质问博雅，晴明掏出一把风铃问博雅不知道大人在我房间放这么多风铃是想听到什么。博雅让晴明等一下，进房间关上门，出来后手里抓了一把符咒，问晴明，那不知道先生在我房间内放这么多监视符咒是想看到什么？
阿泷这个时候走出来手里抓着一把风铃和一把福符咒做无奈状，往地上一丢。场面有些尴尬。
晴明坐在外面喝酒，博雅走出来，正好晴明的蜜蜂式神正准备奉酒，博雅感受到妖物，就向她砍过去，晴明保护了自己的式神。在跟博雅说话的时候博雅对妖深恶痛绝，晴明与博雅烟言语到激动之处，博雅“你这么喜欢妖你怎么不做妖”晴明“我做妖也可以，传闻我的母亲不就是妖狐？”博雅怒了，指剑到晴明脖子上，称晴明再说这样的话他会杀了他。
后画面转向宫内，女皇坐在垂帘听政的竹帘后，公主站在前，女皇说必须唤醒四大神兽，这个事情就交给鹤守月去做。命令公主负责。
四位法师开始负责各自的神兽，晴明负责龙，鹤守月负责玄凤，另外两位负责的电影里没有详细介绍。后面就是四人分别的打斗场面，博雅将获得的三枚金丹（文中提到的金丹都是妖物）供奉给了自己负责的神兽，阿泷也将手里握着三枚金丹给了自己负责的神兽，鹤守月的镜头，手里只拿了一枚金丹，但是没有完全给自己的神兽镜头就转走。
接下来镜头到了晴明身旁有诸多女子，这个女子我看着眼熟，像是圣薇，博雅从晴明身旁走过，说了一句“成何体统”。
次日一早博雅又路过看到晴明召了一堆男式神，更是无语，说了一句荒谬至极，走了。
某一天博雅看到晴明在一块板上整理了京城各妖物的细情，晴明才告知博雅以为他在花天酒地的时候其实是在收集信息，他负责的龙是最难唤醒的，需要一个巨大的欲念，只一颗就可以唤醒龙。这里两人又斗嘴了，还是很可爱的。
忽然公主出事了，两位冲进公主房内，发现公主被妖物缠身。晴明唤博雅帮忙脱去公主衣物，好除妖，博雅不肯，转过去，这里也斗嘴了。
晴明只好自己脱下公主背后的衣服，发现有东西在背后蠕动。晴明告诉博雅，一会儿不管他要求博雅做什么事情，就算再正常不过，都不要答应他，甚至还要全力阻止他。
晴明掏出一根长针戳入公主后背，另一端自己衔在嘴里，引出一根又细又长的东西，慢慢爬进晴明口中，博雅在一旁看的有些犯恶心。
晴明将妖物完全吸入自己口中后，松了一口气，告诉博雅“帮我倒杯水”
博雅右手拿着茶壶正要往杯子倒，忽然顿住，想起晴明的话，不给。晴明怒，与博雅缠斗。最终茶壶倒在地上，晴明也倒在地上，并且右眼开始出现刚刚的妖物附身的情况。博雅见状紧张了，将晴明左手划开口子往外引血，并不停唤晴3的名字。在博雅的帮忙下晴明的右眼好了，额头出现了一撮妖物的触手，晴明叫博雅拔出来。博雅想着刚刚晴明说的话不拔。
晴明再次叫博雅拔出来，博雅踌躇了一下拔出来，小触手的末端是一枚金丹。晴明清醒之后问博雅为什么不拔，博雅说我还不是听你的才不拔。两人又斗嘴了。晴明说叫你不拔就不拔，这么听话。
镜头转向晴明将金丹奉给自己负责的神兽，博雅惊讶到一枚金丹就可以唤醒神兽，这个妖物是有多强大。
博雅告知他，强大的不是金丹，而是人的欲念，这个妖物附身到公主身上，是公主的欲念太强。
随后一个好像太监的人冲到晴明的房间唤两位，公主醒了，结果没有人，只一扇屏风，镜头拉进，屏风里博雅和晴明正在亭间饮酒。
画面逐渐过度到冰天雪地，是一开始师父与晴明诀别的场景。师父弥留之际告诉晴明去东方斩妖，给他一把叫芳月的剑。随后叫晴明快杀了他，巨蛇还未将他意识完全吞没，否则将一发不可收拾。晴明一边哭一边冲着师父结印，师父慢慢化作灰烬消散在漫天飞雪之中。
博雅忽然感知什么，说了一句不好。冲进皇宫与女除妖师争斗，晴明前来阻止打斗，鹤守月也加入了缠斗，三个人打得不可开交，晴明问阿泷为什么要杀皇后，阿泷一直念不是我。
阿泷打不过博雅和鹤守月，晴明在阻止他们斗殴，最后忽然从角落冒出一缕头发将阿泷脖子缠住往角落里拖，晴明见状砍断了头发，但是阿泷也奄奄一息。
弥留之际她说“女皇.....女皇是....”“是公主....”没气了。
博雅晴明走后，留下公主与鹤守月交谈，公主拔剑指向鹤守月说你为什么杀阿泷，鹤守月说她已经发现了我们的秘密。画面转向阿泷用剑拨开帷幔的地方，鹤守月正躺在公主旁边，
博雅说操纵妖害女皇的一定是妖物，晴明认为是背后操控妖物的人。阿泷死时告诉他，是公主。
博雅说你一直认为人是不对的，晴明说你一直认为妖是不对的。
博雅说公主与他一起长大不会有问题，晴明争辩公主十八岁才进宫
晴明告知不可能是鹤守月，鹤守月有不可能这样做的原因。
因为他是师父留在女皇身边保护女皇的式神，式神一旦与阴阳师建立关系，就是永世的
二人最终决定各自问各自的。晴明丢给博雅一张符咒，说只要你拿着这张符咒，叫出式神的名字，要求他办一件他根本不想办的事，如果他不做，他就是已经背叛了师父。又丢给博雅一张
镜头到了博雅手背在身后，站在鹤守月五米开外的地方，说鹤守月，砍下你的右手。鹤守月看着他，博雅又说了一次，鹤守月，砍下你的右手，镜头移到博雅身后的符咒上。晴明冲出去追上这个妖物，结印将妖物堵住所有去路，妖物大笑说她爱的男子爱上了别的女人，竟然将她斩杀，可是自己一直受控于人，无法杀仇人，今日终于摆脱了60年的束缚杀死了仇人（也就是公主），晴明这时发现这个女妖也是式神，方才摆脱了控制，晴明顿觉不好
鹤守月和公主在一处祭台牵着手，背对着镜头，这时博雅在晴明怀里缓缓醒来，与晴明一同来到了祭台。
晴明说一开始他也怀疑了是公主向杀女皇，可是阿泷死的时候其实已经告诉他，公主就是女皇，可惜他会错了意，以为是公主要杀女皇。
在公主说完直到遇到晴明的师父之后，鹤守月忽然结印将晴明与博雅分别丢进了两个石馆里，石馆上空在不停向下冲入细沙。意欲将二人活埋。
晴明结印逃了出来，但是博雅没有办法。
晴明很慌张，结了一个时空扭曲圈想救博雅，但是忽然发现向那边的空间喊博雅没有反应，晴明脑海里忽然想起师父说的。“空间只能到你知道的地方。”
晴明很着急，在石馆里博雅的腿已经被埋了。
晴明忽然想起博雅留给他的风铃，他唤博雅，博雅回应了，晴明“快让我看看你在哪”
博雅不知道什么意思
“快用我的符！！”
博雅将先前晴明给他的另一个符咒丢向上空石壁，手一直保持向上姿态，符咒一直没有睁眼，晴明一直在唤博雅。
公主四周的血越来越多，一条蛇从公主双腿间慢慢爬出，鹤守月用手将蛇迎上自己的手臂，将它引入自己的口中。
鹤守月身上的纸灰色渐渐褪去，变成了蛇磷，召唤出了巨蛇，开始向皇宫外前进，公主与他站在蛇背上。蛇一路前进，一路伤害到无辜百姓，公主眼里含着泪看着自己的百姓，问鹤守月，你是要出城？鹤守月说，是。
公主“去哪？”鹤守月表达了天涯海角，我们一起浪迹天涯，我会永远陪着你。公主说好，那你就陪我一起死。忽然抱住鹤守月从巨蛇身上脱离开始往地面下坠，蛇忽然张嘴将公主与鹤守月一并吞入腹中。
这时晴明与博雅正在城门看着他们二人从蛇背上掉落，并被吞入腹中。晴明粘了召唤式神的咒语，出来了三个式神。并出现了五六堵直充天际的符咒门，阻挡巨蛇的前进。
