黄檀生长于海拔900 m以下的低山常绿-半常绿湿润阔叶林和稀疏的半落叶林中,亦见于低地平原和湿地的常绿林中,常以单独或5~10棵的小群落形式出现。一般混交于东南亚当地最常见的双翅香(Dipterocarpusspp.)林中,并还伴生有娑罗树(柳安),坡垒,异翅香,缅茄,花梨木,油楠,黄牛木,紫薇,石栎等树种。适应的土壤环境为微酸性的粘土层、肥沃的玄武岩生红黄褐色土以及古冲积层所形成的灰色土。栖息地环境湿热,在越南南方同奈河平原年均气温25~27 ℃,相对湿度80%,年降水量约为2 400~2 700 mm;而在越南西原地区海岸丘陵带的雨影区只有1 500 mm左右。