有区别，有以下两点区别：
第一，微店和微信公众号主要用途不同。
1、微店是帮助卖家在手机开店的软件。
2、通过公众号，商家可在微信平台上实现和特定群体的文字、图片、语音、视频的全方位沟通、互动。形成了一种主流的线上线下微信互动营销方式。
第二，微信公众号所开的微信小店只是微店的一种方式，很多微店有自己的APP，不用依托微信。
首先，微店和微信小店所属性质不同 微店是阿巴比提出的一种云销售模式，其利用微信平台实现用户免费在手机上开店销售的软件。 微店网由深圳市云商微店网络技术有限公司运营的。 微信小店是基于微信公众平台打造的原生电商模式，其直接就是由微信开发运营的。 其次，开店的门槛条件不同。 微店可以说是真正零门槛。只需在应用商店搜索“微店”并下载应用。完成注册后，输入手机号并绑定银行卡即可在微信上开微店。任何私人账号都可以实现。 微信小店开通必须满足：“1.必须是企业认证的服务号；2.必须开通微信支付接口；3.必须缴纳微信支付接口的两万元押金。” 再次，运营模式不同。 微店的模式简单说来就是：供应商把产品发到微店网，由无数的网民开设微店帮他销售。供应商获得订单，微店主获得交易佣金。 微信小店的模式是：基于微信支付并通过公众账号售卖商品，可以实现包括开店、商品上架、货架管理、客户关系维护、维权等功能。从运营模式上说，微信小店要实现的最终效果就是类似于移动端的淘宝。
