有区别，如下：
1、培养方式。专业硕士：课程设置侧重实践，教学内容将理论和实践有机结合，采用理论讲授、案例分析、现场研究等多种方法教学，在具体的学习过程中，部分时间在实践，实践学分比重大于学术学位硕士。学术硕士：所学课程注重基础理论学习，学员毕业后具备从事科学研究创新工作的能力和素质。
2、招生专业。专业硕士：招生专业有针对性，有工商管理、公共管理、税务、国际商务等，总共四十门左右。学术硕士：招生专业比较全，基本涵盖所有专业方向，适合不同工作领域的人学习。
3、导师制度。专业硕士：实行双导师制。有校内导师和校外导师，在培养过程中校内导师重在教授理论知识，校外导师以指导实践为主。学术硕士：实行单导师制。研究生导师对学员读研期间的全过程进行指导，包括前期的理论学习和后期的学位论文。
4、学制学费。专业硕士：学制一般在2-3年左右，学费要比学术硕士学费高。学术硕士：学制一般是3年，学费较低，从2014年秋季学期起，原则上每年硕士生不超过8000元。
5、学位论文。专业硕士：必须强化应用导向，形式可多种多样。可以采用调研报告、产品开发、案例分析、等多种形式撰写。学术硕士：强调科学理论研究与原创学术创新，形式比较传统。
