《孤岛危机三部曲》系列剧情如下——
游戏开始于仅有五人的暴龙小队于空中跳伞至降落区，在降落过程中，诺曼被不明物体撞上并失去了降落伞，最后坠入水中并错过了降落区，在诺曼抵达岸上后，与杰斯特相会，转而与另外一名被卡在树上队员阿兹提克相会。正当他们开始行动时却从树林传来了一片惨叫交战之声，当诺曼与杰斯特到达树林时，阿兹提克与其余四名北朝鲜军士兵已被不明物体杀害。
为了防止北朝鲜军获得生化装的科技，队长普费蒸发了他的遗体，普费被派往清除他们活动的痕迹，而诺曼被命令继续前行。 随后诺曼入侵了位于海岸边的北朝鲜基地，并得知北朝鲜军在此区域的活动由庆将军所领导。接着诺曼与小队其余三人在山中会合，发现了研究团队被冰封住的船，并找到了有关人质所在地的情报。赛可和其他队员因觉得队长普菲有事瞒着他们而同他争吵起来，而此时一外星机体却突然现身，撞破船舰并抓走了杰斯特，在飞行了一段距离后将他丢至地面。
在诺曼等人赶到时杰斯特已经死亡，不得不同样蒸发了他的遗体。 而后普费在北朝鲜军的一个通信点了解到北朝鲜军将一名人质关押于不远处的一个村庄中，三人再度分开执行任务。诺曼进入村庄并与赛可共同救出人质，并从该名人质(事实上为CIA的情报员)口中得知其余人质在一个化石发掘场。此时北朝鲜军队派遣了两辆坦克进入村庄。在诺曼摧毁坦克编队之后，由赛可护送人质离开村庄，而诺曼则赶往普费处与其会合，一同前往化石发掘场。
诺曼与普费汇合后，普费仍然无法与联合作战司令部联络。正当普费与诺曼行进之时，普费被另一突然出现的外星机体拖进树林里并消失无踪，同时诺曼与司令部恢复通信，在回报普费作战中失踪的消息后，转为由史崔克兰负责指引诺曼，在引导下，诺曼摧毁了附近的GPS干扰站并前往研究团队领导人罗泰森博士的所在地。
当时罗泰森博士正在研究一具从岩石中挖出的外星遗骸，并与庆将军做视频对话，但外星遗骸释放出巨大的能量将整栋建筑物与博士结成冰块。此时，美军开始了与北朝鲜人民军的冲突，诺曼被要求搭乘VTOL前往港口以支持正在作战的美军，在VTOL降落区，诺曼发现北朝鲜人民军也拥有生化奈米装的科技。
抵达港口后，诺曼即被派往摧毁防空设施，得以让VTOL降落并在该区域部署坦克。此时联合作战司令部给了赛可新的指令，要求其与A连会合(是为本作资料片《孤岛危机：弹头》的情节发端)，而诺曼则与美军坦克一同袭击庆将军所在地点。正当美军的装甲部队逐渐向庆将军的所在地逼近而受地形所阻时，岛中央山顶上的岩石逐渐崩落，露出了一个数千米高的外星建筑，并放出两台外星机体，攻击当地的北朝鲜军。
诺曼随后进入了挖掘地，发现了庆将军、数名穿有奈米装的北朝鲜军和两名考古学家，正当诺曼正在监听时，诺曼被北朝鲜军发现并被打昏，生化装的功能也被停止。在诺曼清醒后，他被带至庆将军面前，而庆将军正准备引爆炸药来进入外星建筑，但考古学家反对并质疑他的作法，其中一名考古学家被庆将军枪杀，炸药引爆所释放的能量导致庆将军的生化装故障；
并且杀死了他所有的随身护卫，接着诺曼杀死了庆将军，并与另一名考古学家海伦娜搭乘电梯逃离挖掘地，然而挖掘地开始倒塌并将两人困在电梯中，虽然VTOL前来救援，但无法将诺曼救出，在没有其他出口的情况下，诺曼只能选择进入外星建筑。
外星建筑内部是一个冰冷且无重力的场所，里面有着类似有机生物的躯壳和许多刺状的冰晶，并且有复杂的管道来快速穿梭整个系统，建筑内部与外部完全断绝联系，诺曼在里面搜集了宝贵的信息，并遇到了几近侵略规模的外星生物，在诺曼成功离开后，建筑物放出了一个冰冻能量罩，使能量罩内部的温度降至摄氏-100度以下，所有的美军、北朝鲜军都被结成冰块；
诺曼在球体内遇到普费，普费运用了外星技术改造了一把开火机制复杂的枪械，能够发射出冰冻光束，然而普费的生化装已经受损，诺曼必须护卫他至附近的热源来补充能量，最终逃离球体，同时，他们也看到了一架巨型外星船舰(Warship)从头顶飞过。
在球体外，诺曼和普费与季根上士在球体外的临时基地会合，外星机体从球体内不断窜出，击落了载有研究人员海伦娜的VTOL，在普费将海伦娜从坠毁的VTOL中救出后便搭乘其他VTOL离开，此时球体边缘出现了一只形如蜘蛛的外星生物(Hunter)，并逐渐逼近美军的基地，
史兰克林为了保护VTOL安全的撤离，刻意引开Hunter的注意力，最后牺牲在战场上。而诺曼搭乘了最后一批VTOL离开岛屿，在飞行过程中VTOL被外星机体攻击，驾驶员中弹，VTOL改为诺曼驾驶，并返回在该区负责支持的航空母舰CVN-80 USS Constitution。
在航空母舰上，赛可带回了一具外星生物的遗骸，该机体忽然间吸收了附近的能量并开始活动，在附近保安人员的攻击下又再度停止，海伦娜表示这些生物会吸收附近的能量来源。诺曼与海伦娜在CDC遇到了舰长梅尔森，梅尔森提到了使用核弹攻击这座岛屿，但海伦纳认为以核弹轰炸只不过是“提供能量给球体”，梅尔森没有听下她的建言，
两人接着在军械库遇到了赛可与费普，费普在修复了它的生化装后，带着他所得到的武器离开军械库，截取了一台VTOL返回岛屿，军械库的工程师将诺曼的奈米装进行改良，让海伦娜能够在远处的电脑透过无线网络让奈米装传送出信号，进而破坏外星生物的防护罩。同时，梅尔森获得白宫的授权，在舰桥已经准备发射核弹，虽然海伦娜再度恳求他停止发射，但梅尔森仍然坚持它的决定。核弹随后命中球体，球体将核弹能量吸收并扩大了数倍，
所有外星机体立刻从球体飞出，朝着航空母舰而来，而普费也被推测已经被炸死。外星生物对航空母舰的破坏导致核子动力炉超载，并释放出辐射，诺曼被要求前往关闭反应堆，此时数名敌军冲进反应堆室内，海伦娜尝试使用传送信号的方式让外星生物电力超载，结果非常成功。在返回甲板的途中，诺曼绕路取得了原本放置于军械库的战术核武发射器，
舰长梅尔森被外星生物杀死，当诺曼回到甲板时，甲板上已经出现了一只巨大的Hunter，海伦娜再度传输信号摧毁它的防护罩，在诺曼成功了摧毁Hunter后，巨大的Warship从航空母舰旁的水底浮起，运用相同的方式，海伦娜削弱了它的防护罩后，
诺曼便以战术核武发射器摧毁它。最后，诺曼搭上由赛可驾驶并载有海伦娜的VTOL上，外星Warship与航空母舰一同沉入海底，海伦娜在对话中提到一队从日本来的舰队将在一小时后到达，同时，赛可接收到在球体内部来自普费的信号，VTOL便调头飞回球体内，故事结束。
扩展资料：
角色介绍——
1、先知（Prophet）
一代中暴龙小队的队长，在孤岛危机1中遭到Ceph感染，基因受到改造，因此可以使用Ceph的武器。2代中将纳米生化装让渡给重伤垂死的陆战队员阿卡特兹穿上，并随后举枪自尽，但先知的意识仍留存于纳米生化装中，并持续对阿卡特兹的决策做出影响。
后来阿卡特兹人格受损，其本体意识便被先知的意识取代。或许是受到Ceph基因的同化能力以及纳米生化衣的特性影响，阿卡特兹的肉体在3代中似乎已被改造成先知的面貌。
2、赛可（Psyco）
前暴龙小队成员，曾在英国特种空勤团（SAS）中服役，性格冲动、暴躁。在3代中已经失去了纳米生化装，据其透露是被Cell企业强行以手术取下，由于纳米生化衣与使用者之间的深层链接，导致在手术过程中承受了莫大的痛苦，也留下了严重的后遗症，因此誓言揪出当初对他动手术的Cell人员进行复仇。事后赛可在被反抗军救出后加入了反抗军，并在3代开头主导了营救先知的任务。
3、阿卡特兹Alcatraz
游戏主角，USMC服役，所在小队在将古德教授和“先知”从纽约营救出来的任务中几乎全军覆没。在被“先知”救出后，感染严重的“先知”将自己的Nanosuit2.0交给了他，由他接替“先知”的任务。而他成为Nanosuit2.0主要拥有者，完成了常人无法完成的任务，做事干净利落，由于身体受到严重的创伤，他只能靠Nanosuit生存，后来雅各布帮他完善了Nanosuit，成为了对抗CEPH的活的生物武器。
在最后中央公园的战斗中，进入了CEPH的病毒孢子扩散器内部，将病毒同化后，利用被修改了的病毒孢子消灭了城内的CEPH，成为了众所周知的英雄，不过他觉得这不是他一人的功劳，“先知”也有份，最终才说了“他们叫我···先知”这句话 。
