门头沟区辖4个街道,大峪街道、城子街道、东辛房街道、大台街道;3个地区龙泉地区、永定地区、王平地区,;9个镇龙泉镇、永定镇、潭柘寺镇、军庄镇、王平镇、雁翅镇、斋堂镇、清水镇、妙峰山镇;198个村石门营村、小园村、栗元庄村、卧龙岗村、西辛称村、东辛称村、白庄子村、四道桥村、坝房子村、侯庄子村、贵石村等。
门头沟区辖9个乡镇、4个街道办事处、189个行政村、208个居委会。9个乡镇分别是:军庄镇、龙泉镇、清水镇、潭柘寺镇、永定镇、雁翅镇、斋堂镇、妙峰山镇、王平镇。4个街道办事处分别是:大台街道办事处、大峪街道办事处、东辛房街道办事处和城子街道办事处。