马祖地区原分别隶属于福建省连江县、长乐县与罗源县。现今实际由中国台湾地区当局管辖，行政区划仍为“连江县（马祖）”，于1953年2月在马祖岛设“连江县政府”，并于1956年6月将原分别隶属于长乐县（即今长乐市）的白犬列岛、罗源县的东引岛、西引岛等岛屿划归“连江县”代管，实际管辖面积29.6平方公里，现下辖4乡，一般两岸通称“马祖地区”，简称“马祖”。
1999年，以马祖列岛为范围的“马祖风景区”成立，隶属于台湾“交通部”管理。除了地形地貌和人文特色外，因为马祖地理位置关系，成为候鸟过境或渡冬的区域，2000年成立马祖列岛燕鸥保护区，主要针对白眉燕鸥、红燕鸥、苍燕鸥、凤头燕鸥、黑尾鸥、岩鹭、插尾雨燕等7种鸟类。2000年6月曾在此发现于世界鸟类红皮书中被列为临绝种的黑嘴端凤头燕鸥共4对，每年的最佳赏燕鸥季是5月到8月。
行政区划
中国大陆
马祖风光
大陆福建省对马祖地区的行政区划为连江县竿塘乡（俗称 马祖乡），白犬列岛（包括东犬岛、西犬岛及附属小岛礁）部分属长乐市。实际由台湾当局有效管辖。20世纪90年代开始，中国官方逐渐有马祖乡的称呼，一般“马祖乡”范围还笼统包括了长乐市的白犬列岛，与台湾地区实际控制的马祖地区范围相吻合。（注：实际上“马祖地区”除了包括主体部分福建省连江县竿塘乡（马祖乡）外，还包括原长乐县（即今长乐市）的东犬岛（东莒岛）、西犬岛（西莒岛）（合称白犬列岛）。）
实际区划
马祖地区，归属连江县，实际控制于台湾地区。台湾对马祖地区的行政区划仍然为福建省连江县，简称马祖。现辖4乡，即：
南竿乡：10.64平方公里；
北竿乡：8.94平方公里；
莒光乡：5.26平方公里；
东引乡：4.76平方公里。
总计：29.6平方公里。县政府所在地南竿乡，县长刘增应，县花九重葛，县鸟黑嘴端凤头燕鸥，电话区号0836，总面积29.6055平方公里（台湾的第25位），总人口10,066人（2006年4月）（台湾的第25位），人口密度349.51人/平方公里（台湾的第17位）。
