只要是国家承认的学历,只要有土木工程专业的学校都可以报考。一般来说,民办大学的本科也是本科,是全日制学历的本科,跟公办学校的本科是没有差别的,可以报考开办土木工程专业的所有学校的研究生,考不考得上另说,报名资格是有的。国内土木工程专业比较好的有上海同济大学,上海交通大学,北京清华大学等。
民办本科院校只要是教育部公示的高校都是正规院校都可以报考研究生,具体报考什么学校看你的所在地区以及你想考什么区域,土木工程在全国知名的高校有同济大学,天津大学,北京科技大学,燕山大学,哈尔滨工业大学,北京理工大学,华中科技大学等等。