最大的区别是：
一、经费和学费不同
民办本科院校的办学经费，主要是靠社会组织或个人的出资、其他组织和个人的捐助、收取学生的学费。这是民办本科院校与公办本科最根本的区别。民办院校收取学生的学费，是学校办学经费的主要来源，所以，民办院校的学费一般比较高，入学后的住宿费什么的，也比较高。目前我我国民办本科院校中，学费最低的是每人每年10000元，学费高的达到十几万元每人每年。
公办本科院校的办学经费，主要是财政性资金的投入和收取学生的学费。其中财政性资金是主要来源，收取的学费只是辅助。公办本科院校的学费，少的不到每人每年4000元，多的每人每年6000多元。
二、办学目的不同
教育本来是公益性事业，但是民办本科学校有民间资本的介入，大多数民办院校还摆脱不了资本的固有属性，所以对于大多数民办院校来说，赢利是他们办学的目的之一。
公办学校，所需要资金主要由国家投入，本质上是国家职能实现的一种方式，虽然也收取学费，但是公办院校不以赢利为目的。
三、教学设施不同
民办本科院校的资金来源有限，在基础设施的建设与维护方面，投入不会太多，所以教学所需的设施设备，相对来说不会太完善。
公办院校有国家财政做保障，在国家重点建设的院校中，学校的基础设施设备相对比较完善。
四、管理体制不同
民办本科院校一般由出资方组建专门机构对学科进行管理，如学校的董事会，管理委员会之类的机构。
公办本科院校由相关的国家机关委派相关人员进行管理，组建党委，在党的统一领导下开展工作。
五、师资力量不同
民办院校的教师，本质上与为企业打工的员工相同，是教师与学校之间是劳务关系，教师队伍的稳定性不够强，教师队伍的发展也得不到可靠的保障。
公办院校的教师，是国家事业单位编制干部，在工资待遇福利等方面有可靠的保障，也有比较完整的人事管理制度，教师队伍相对稳定，也能够长期发展。
六、社会认可度不同
国家承认民办本科院校毕业生的本科学历，但是在社会中对民办本科院校的认可度并不高
二者区别如下：
一是举办者不同，民办本科举办是个人或社会机构，公办是国家举办；
二是经费来源不同，民办是自筹，公办是财政拨款；
三是管理形式不同，民办一般设董事会，公办由政府教育行政部门管理；
四是录取分数不同，民办属二本批次较低分数，公办录取分数高于民办。
