一次发酵的吐司组织比二次发酵的细腻。一次发酵的老化速度比二次发酵的快，所以做一次发酵的吐司要尽快吃掉，不然内部会容易发干。二次发酵时发酵时间长，所以它的发酵风味要比一次发酵的浓郁，口感更松软。
使用二次发酵法制作吐司，又将两次发酵分别称为基础发酵和最后发酵。因为面包的发酵环境不一样，所以发酵只看状态不看时间。参考时间为：室温28摄氏度，湿度70%，基础发酵用了1个小时，最后发酵一个小时二十分钟。
基础发酵比较适宜的温度是28摄氏度，湿度是75%。一般在室温25摄氏度以上就可以了，最简单的方法就是把面团放入容器中，用保鲜膜盖住防止风干，这样也方便观察体积。当面团体积膨胀到两倍，用手指沾上干面粉插入面团，手指离开后面团既不塌陷也不回弹，说明发酵到位。如果面团马上回弹，说明还需要继续发酵，如果面团塌陷了说明发酵过度了。
最后发酵的环境是温度38摄氏度，湿度85%。没有发酵箱就用烤箱发酵功能，再放一碗热水，目的是增加湿度，确保烤箱内温度不超过40摄氏度，不然酵母会失去活性。如果烤箱没有发酵功能，也可以用一个大的密封容器，放一碗热水进去同样可以，不过要勤换热水。如果做不带盖的山形吐司就发酵到模具的9分满，带盖的方形吐司就发到8分满。除了通过体积判断，还可以用手指轻轻按压面团，如果面团有印痕，不回弹或者缓慢回弹，就说明最后发酵到位了。
吐司发酵时间没有一个特别的规定，如果用中种法发酵十几个小时。发酵面团主要看状态。只要不发过了做出来的面包口感就好。一班的发酵时间是一个半小时到三个小时，根室温有关。
