晏殊当丞相时就一位皇帝宋仁宗,并且是他出仕以来第一次当丞相。北宋仁宗庆历二年(1042年)晏殊官拜宰相,以枢密使加平章事。第二年,以检校太尉刑部尚书同平章事,晋中书门下平章事,集贤殿学士,兼枢密使。
庆历四年(1044年)因撰修李宸妃墓志等事,遭孙甫、蔡襄弹劾,贬为工部尚书知颖州,后又以礼部、刑部尚书知陈州、许州。60岁时以户部尚书、观文殿大学士知永兴军节度使(今陕西西安)。后调到河南府,官衔被转到兵部。
和元年(1054)六月因病请求回京城医治,待病好以后,再出京任职,仁宗特意把他留下来,让他为自己讲经释义,让他五天到自己这里来一次,按宰相的规格对待他。