结局是烈亲王是黑衣人，而且还是亲手杀害以丹的凶手。
涵香经过一连窜的追查，重新分析每个嫌疑犯的杀人动机与线索，最后，终于发现凶手竟然是烈亲王塔尔。然而，事实的真相却令涵香陷入天人交战的两难？后来，康熙帝得知真相后，遂判塔尔入狱。塔尔在狱中回忆过往，相当后悔自己当时被嫉妒掩盖了理智，于是写下一封血书，上头道尽他深深的悔悟，在一个漆黑的夜里，塔尔结束了自己生命，替这桩长达十多年的悬案，划下了遗憾的句点。
《深宫谍影》是一部成功的商业剧，它不仅沿用了常规宫廷古装剧中的戏说与宫斗的成分，更在这之上添加所有热播剧中的流行元素，这是一盘色彩斑斓的大拼盘，也可以说是一部懂得如何取悦观众的娱乐剧，总是，无论是质疑还是赞扬，《深宫谍影》是成功的。
深宫谍影》大结局：格泰独自在烈亲王的坟墓前祭奠烈亲王，巴布和博海气愤的上前要打格泰，这时王公公来传旨，说涵香让格泰进宫。
格泰见到涵香，彼此刚好都为对方准备了礼物，打开一看，竟然都是玉蝴蝶。
格泰告诉涵香，他要离开京城，他送给涵香玉蝴蝶是想把自己最珍贵的东西送给自己最珍惜的人，而涵香说她送给格泰玉蝴蝶是想跟他说，不管格泰去哪儿，她都跟定他了。两人相视，幸福的笑荡漾在脸上。
