楼兰古城的消失是一个学术界至今争论不休的悬案。人们有以下推测。
推测一：有可能是战争导致了楼兰的消失。当时有一支强大的军队攻入了楼兰，之后便在城中大肆地杀烧抢劫，将城里的百姓都杀光了，所以楼兰自然就变成了一座空城，时间一久，便被埋在了地下。
推测二：气候原因导致了楼兰的消失。在楼兰强盛的时候，那里的降水量十分充足，足以让人们正常地生活了，可是随着时间的推移，气候慢慢地变得干旱了起来，农作物纷纷死亡，人们不得已只能逃离楼兰，去往别处，不久以后，楼兰这座空城就被风沙掩埋了。
推测三：成也丝绸之路，败也丝绸之路。丝绸之路原本是经过楼兰的，楼兰人民正是靠着这繁荣的贸易来维持生计，可是不久之后，丝绸之路又开辟了一条北道，原先的那条路慢慢地被遗弃了，楼兰人失去了生存的依靠，只能被迫出逃，楼兰就此没落。
推测四：瘟疫。楼兰曾经爆发了一场瘟疫，城里大部分人都死了，剩下的人只能逃往别处，楼兰也就成了一座空城，最后没落在风沙中。
推测五：是因为被一种生物毁灭的。当时楼兰地区有一外来物种蝼蛄昆虫，因为在这块区域没有天敌，所以大量地繁殖，最终泛滥成灾，这些昆虫爬进楼兰城中，吞噬人的肉体，人们没有办法去对抗它们，只能逃离。
推测六：是由于别的民族的侵略，导致了楼兰的文化被毁灭，人们为了躲避战争，逃离了楼兰。
