1.质量和结构
在机器的做工方面，二冲程机器的结构更加简单，比四冲程机器省去了很多零部件，也就是说四冲程要比二冲程的船外机要重一些，二冲程携带更方便。
2.汽油和机油的添加
二冲程机器燃料为汽油机油的混合油，二冲程的船外机没有专门的机油灌注口，无需灌注机油做润滑作用，而是在燃烧的时候润滑。
四冲程机器燃料为汽油，机身有专门的机油灌注孔，需添加适量机油做曲轴等齿轮的润滑作用，隔一段时间需要将废机油排除，并重新灌注新的同型号机油，以保证机器的高性能。
3.噪音和抖动
由于做工和排气方式的不同，同样品牌、同样马力的力的二冲程比四冲程船外机噪音及抖动要略大一些。
4.易于维护
由于二冲程船外机结构简单所以二冲程船外机比四冲程维护维修更方便，并且修理成本也比较低。
5.燃油使用
二冲程机器使用混合燃油，即汽油和机油按比例混合使用，汽油：机油=磨合期25:1，磨合期后50:1。
四冲程燃油请使用92号以上汽油，机油单独加入机内油箱。
6.燃油经济性
如果船外机用来工作或者营运使用，或者每天较长时间，同等马力情况下四冲程机器要比二冲程省油30%左右，也就是说开的越多四冲程机器就越省油。并且在环境污染的角度，由于二冲程的结构简单。燃油燃烧的不够充分所以排放的废气的残留度更高，不利于当前的环境保护。
7.价格方面
同等品牌、同等马力的四冲程船外机要比四冲程的价格贵一些。
