纳豆发酵温度一般在28℃到32℃恒温，时间需要一天到三天左右时间。纳豆主要选择的原料是黄豆，当中含有丰富的大豆蛋白，口感是比较好的，在发酵的时候一定要控制好温度，避免温度过高，因为温度过高会导致纳豆发干，从而会影响到纳豆的口感以及营养价值，整体的温度不能低于28度，也不能高于32度。
40度和一日。
详解如下：
传统制法将蒸熟的黄豆用稻草包裹起来，稻草浸泡在100度的沸水中以杀菌消毒，并保持在摄氏40度放置一日，稻草上常见的枯草杆菌（纳豆菌）因可产生芽孢而耐热度高。
杀菌过程不受破坏，高温培养速度快也能抑制其他菌种，并使黄豆发酵后产生黏稠的丝状物，这种黏稠外观主要来自成分中的谷氨酸，被认为是纳豆美味的来源。
二十世纪后期高品质稻草取得不易，多已改用保丽龙或纸制容器盛装贩售。因此现代的制作方式，是利用蒸过的黄豆加上人工培养出的纳豆菌混合后，直接放在容器中使之发酵，黄豆以外之某些食品亦能制成纳豆。
而制作清酒时，原料的米中若不慎受纳豆菌沾染，以其快速的繁殖速度，将抑制酿酒所需的酵母菌。酿清酒处所不可出现纳豆，其他发酵食品可能也有类似情况，制程需多加留意。
纳豆菌属于弱酸性，会阻碍乳酸菌制造的乳酸。在技术上已经开发出气味较弱的纳豆，但由于使用了活发性较低的纳豆菌种，容易造成其他细菌的增殖空间。此外，纳豆菌的天敌是会寄生在细菌上的噬菌体病毒，在噬菌体开始作用后会降低纳豆菌的活动力，并可能造成其他细菌开始繁殖，因此应避免食用超过保存期限的纳豆。
