1.冷库保存
将冬瓜放置于冷库的环境中，采用低温保存的方法，可储存4~6个月的时间。
2.田间储存法
可将尚未成熟的冬瓜，在其底下垫上麦秆或者甘草，之后上边再铺上麦秆或者甘草，能够有效避免阳光直射和防止过潮腐烂。
3.窖藏法
将冬瓜放置于阴凉、通风、干燥的地窖中进行储存，需要注意的是保持窖内温度和湿度，不可起伏太大，否则会影响储存效果。
4.冬瓜属于喜温耐热，冷敏性的瓜类，最好的储存方法是窖藏法，在温度10~15℃，相对湿度维持在70~75％，并且通风良好的情况下，可保存数月不会腐烂。如果是已经切开的冬瓜，则要用保鲜膜将其包裹住，之后放置冰箱的保鲜层即可，可存放2~3天。
地面先铺上一层麦秸或稻草，再堆瓜2～3层。摆冬瓜尽量使冬瓜保持在田间生长时的状态，原来卧地生长的要平放，原来是吊着生长的要蒂柄自上直立放。每堆之间留有空道，以通风散热。
贮藏期间注意通风换气。晴天敞开门窗，保持室内空气新鲜、干燥、凉爽。天气变冷，室内温度过低时，在瓜堆上覆盖秸秆或稻草，防寒保暖。经常检查瓜堆，发现霉烂瓜及时挑出，防止瓜病蔓延。在贮藏室内用竹竿、木料搭一层层的贮藏架，每层架先铺秸秆再摆瓜。这样可以增加贮窒贮瓜量，还有利于室内通风透气。
