分类方法有很多种，依据也各不相同，对生物来说比较重要的是生物体自身能否合成，这个在第4点。
1.根据氨基酸分子中所含氨基和羧基数目的不同，将氨基酸分为中性氨基酸、酸性氨基酸和碱性氨基酸：
中性氨基酸有甘氨酸、丙氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、胱氨酸、半胱氨酸、甲硫氨酸、苏氨酸、丝氨酸、苯丙氨酸、酪氨酸、色氨酸、脯氨酸、蛋氨酸和羟脯氨酸，这类氨基酸分子中只含有一个氨基和一个羧基
酸性氨基酸有谷氨酸、天门冬氨酸，这类氨基酸分子中含有一个氨基和二个羧基
碱性氨基酸有赖氨酸、精氨酸、组氨酸，这类氨基酸的分子中含二氨基一羧基；组氨酸具氮环，呈弱碱性，也属碱性氨基酸。
2.根据氨基酸的极性分类：
非极性氨基酸有甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸
极性氨基酸有色氨酸、酪氨酸、丝氨酸、半胱氨酸、蛋氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、苏氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、赖氨酸、精氨酸、组氨酸
其中，属于芳香族氨基酸的是：色氨酸、酪氨酸、苯丙氨酸
属于亚氨基酸的是：脯氨酸
含硫氨基酸包括：半胱氨酸、蛋氨酸
3.按其亲水性、疏水性可分为：
亲水性氨基酸：D,
E,
H,
K,
Q,
R,
S,
T,
羟脯氨酸,
焦谷氨酸
疏水性氨基酸：A,
F,
I,
L,
M,
P,
V,
W,
Y,
α-氨基丁酸,
β-氨基丙氨酸,
正亮氨酸
未定类：C和G
4.根据生物体能否自身合成：
必需氨基酸：指人体（或其它脊椎动物）不能合成或合成速度远不适应机体的需要，必需由食物蛋白供给，这些氨基酸称为必需氨基酸。共有10种其作用分别是赖氨酸、色氨酸、苯丙氨酸、蛋氨酸、苏氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、缬氨酸、精氨酸、组氨酸；人体虽能够合成Arg和His，但合成的量通常不能满足正常的需要，因此，这两种氨基酸又被称为半必需氨基酸。
非必需氨基酸：指人（或其它脊椎动物）自己能由简单的前体合成，不需要从食物中获得的氨基酸。例如甘氨酸、丙氨酸等氨基酸。
