主要有以下的区别：
1、联程航班是一张机票一个航班号，是同一个航空公司运营的航线，在第三地经停的时候有可能换飞机继续飞行，也有可能不换飞机继续飞行。
2、中转航班是指2张机票，航班号也不一样，在第三地经停的时候肯定会换飞机继续飞行，也不是同一家航空公司的航班。
2、联程机票：
一般从甲地飞往乙地，分为几个航段，每个航段的航班甚至执行航班的航空公司都可能不同，因此中间需要中转。一般来讲，中转是很方便的，在您上一航段结束时，机场会有明确的指示，引导您中转到下一航段航班，中间不需要出机场。
联程机票一般不用旅客自己搬运行李的，进入机场后，转机时行李搬运由当地的机场员工后台操作了，旅客需要做的就是，注意听通知，一般从下机后有工作人员在候机厅专门接待转机乘客，为旅客更换登机牌。
需要注意的是联程机票的燃油附加费及机场建设费按航段收取，两个航段的话就相当于是两张机票的燃油附加费及机场建设费。
民航联程航班与中转航班略有区别，它们都是有二个航班段，在中途站需要更换飞机才能完成，联程航班是指予先买好了联程机票，旅客乘第一个航班段到联程站下飞机，换乘另一架飞机完成飞行。
而中转航班是航班到站后，临时再买票转机，去另一个目的地飞行，称为中转航班，与联程区别是监时性换乘。
