原因如下
其一，嫡长子继承制。因为明朝建立后，朱元璋就定下了嫡长子继承制，因此即使老大朱标死后，还有老二老三，所以老四朱棣既不是长子，也不是马皇后所生，只能靠边了。虽然朱元璋很喜欢老四朱棣，也想过把皇位传给他，但是现实中，如果把皇位强行传给老四朱棣，肯定会遭到其他皇子的反对和不满，尤其是老二老三，更何况朱元璋有20多个儿子，也只有立朱允炆为储君，才能让这么多的藩王心服口服。
其二，朱棣在朝堂中没有发言人。其实在朝代中，大部分的皇位之争就是百官推荐，也就是说新皇帝几乎都是在皇权和官僚集团的博弈中产生的。然后朱棣远在北京，就注定了在京城内缺乏势力，在朝堂上没有发言人。
反观朱允炆，由于朱标当了25年太子，已经是根深蒂固，其势力很强大。然后站在百官角度上，都会推荐朱允炆，因为他从出生到靖难之役，一直都在深宫之中生活，可以说这群文官是看着他长大的，反而朱棣是在军营中长大的，跟朱元璋一样杀伐果断，因此对于这些文官来说，相较于朱棣，他们更为认可朱允炆，文官认为朱允炆继位，他们才有好日子过，所以文官集团是非常挺朱允炆的。同时朱元璋看到文官既然认可了朱允炆，也就有了决定。
其三，朱元璋认为朱棣适合打天下，而朱允炆更适合守天下。因为明朝初立，需要休养生息，然而朱棣的身上杀伐之气很重，不是一位守城之主，因此比较之下，性格仁慈的朱允炆无疑是更适合继承皇位。
其实个人觉得，首先，朱元璋不可能违反自己定的规矩，将皇位传给朱棣的，不然就是自己打自己脸。其次，朱棣长期在外，关系自然一步步疏远，而朱允文天天陪在朱元璋身边，天天讨好朱元璋，长期在一起。然后，又因为是朱标的儿子，爱屋及乌，朱元璋肯定更喜欢孙子朱允炆多一点。最后，其实朱元璋没错，朱棣也没错，而错只能错在生于皇家不变的制度。封建王朝挑选继承人大部分都不是举贤任能，只能说是被条条框框给限制死了
第一就是因为朱棣的出身。虽然大家都知道朱棣的父亲是朱元璋，但无论是正史还是野史，都没有任何关于朱棣母亲的记载。有人说朱棣可能是少数民族部落或者是周边国家进贡的女人生下的孩子，但不论是哪一种，都能说明他的出身并不高，而且在朱棣出生不久，朱棣的生母就被朱元璋处死了。虽然朱棣被马皇后抱养，但一直没能受到重用，这也能从侧面体现出朱棣身世的低
第二是因为朱棣的性格，他跟自己的哥哥朱标不一样，从小就在沙场上征战，性格十分暴躁，手腕相当铁血。朱元璋在大肆屠杀功臣之后，希望继任者的性情能够宽厚仁爱，因此才选择了朱标继承皇位，并不会考虑朱棣。这就像是朱棣选择朱高炽一个道理。朱元璋知道，如果是打天下的时代，那么朱棣就是一个好的接班人，但现在是治天下的时代，因此不能让朱棣成为皇上。
第三个原因就是在明朝的时候发展到鼎盛的文官集团。因为想把朱标培养成为一名仁君，所以朱元璋刚登上皇位就请了许多儒家学派的贤士给朱标上课。在朱标死后，这些人一定会站在朱允炆那边。因为这三方面的原因，朱元璋最终选择了朱允炆。
