仰鼻猴属发生在距今100多万年前的更新世时期的中国秦岭地区,一般认为金丝猴的起源与欧亚晚中新世至上新世时期的中猴(一种古老的疣猴)和来自子欧洲的Doliehcpithecus有关。
金丝猴的进化树关于仰鼻猴属内的分类一直存在争议。有人观察到人工饲养下互配可育,认为应该是一个种的四个亚种。当前比较一致的看法时,仰鼻猴最早是分布在横断山脉的一个种,后来由于地质变化发生生殖隔离而演化出4个种,这种隔离发生于2.5万年前,由于隔离的时间较短,这些中并不是完全种。依照不同的生态特点,进入高海拔生存的滇金丝猴称为进化上先进种,而越南金丝猴相对最原始,川金丝猴与黔金丝猴亲缘较紧,黔金丝猴相对较原始。