第一组：911恐怖袭击
2001年4月21日，M5“通往天国的倒计时”日本首映，剧情设定是全日本最高的双塔摩天大楼发生了连续爆炸事件。
2001年9月11日，震惊世界的美国911恐怖袭击，两架民航客机遭恐怖分子劫机撞向了曾为纽约最高的世贸中心一号楼和二号楼。
其实这里相似程度挺高的，日本最高对照纽约最高、双塔摩天大楼对照世贸中心双楼。
第二组：NDM-1超级细菌
2010年4月17日，M14“天空中的遇难船”日本首映，剧情设定是犯罪组织袭击了国立东京微生物研究所，盗走了致命病毒并传播的故事。
2010年9月6日，日本新闻宣布国内首次确认发现了“NDM-1超级细菌”。
第三组：NASA黑客入侵
2018年4月13日，M22“零的执行人”日本首映，剧情设定犯人黑入了美国航空航天局NASA实行犯罪。
2018年12月20日，NASA自爆网络服务器曾被黑客入侵。
柯南一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双塔摩天大楼。
而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。
一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋几乎一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士，不久之后第一个杀人事件发生了。而且，令人不敢相信的是黑衣组织的成员竟然同时也在大楼附近出现，这让人不免联想到灰原哀自从那些日子以来，在深夜里究竟是在跟谁联络。 而柯南的真正身份会被组织发现吗，且灰原哀真正的身份又是？
不管目暮警官等人如何的劝说，双塔摩天大楼的开幕典礼仍按照预定进行。
为了查出这场发生在总楼层高300公尺的高科技摩天大楼的杀人事件真相，柯南将与其宿敌，也就是当初逼迫工藤新一喝下毒药使他身体缩小的凶手——黑衣组织，展开一场史上最恐怖的攻防战。
