区别是:处理方式和风味不同
1.水洗处理法是十分经典的一种处理方式。水洗处理可以避免出现一些泥土等不好的味道，工艺耗时很短而且品质稳定。水洗处理的咖啡豆在生豆的时候有很漂亮的蓝绿色，表面几乎看不到有什么银皮的存在。但是在烘焙好之后，就会发现豆子中线的位置会有着明显的银皮存在。
2.厌氧处理通常要把咖啡果实置于密闭的容器中或是置于水洗槽中以在水中发酵，在这个过程中使用不同的微生物进行发酵以制造出特殊的风味，发酵完成以后再将这些咖啡果实拿去日晒干燥。
经过厌氧处理的咖啡豆风味会比水洗处理的咖啡豆的发酵酒香更为浓重，口感醇厚度也会更高。
水洗处理法也是十分经典的一种处理方式了。当初是为了解决很多地区缺乏充足的阳光来做日晒而发展处理的，适合那些多雨多水的地方，可以快速进行干燥。由于水洗处理可以避免出现一些泥土等不好的味道，工艺耗时很短而且品质稳定，所以以前使用水洗处理出来的咖啡，品质相对传统日晒而言要高得多，水洗豆一度成为高品质的代名词。如果有了解过处理厂的话，就会发现有很多处理厂当时最开始就是做水洗处理的。至今为止，水洗处理法也是使用最广泛的处理法之一。
首先在水槽中把与咖啡樱桃不相关的杂质去除，接着用果肉去除机去除果皮和果肉，但里面还是有果胶层和内果皮无法去除，所以就放在发酵槽里让微生物吃掉果胶层。吃完后再用水洗一遍，拿去晒干，晒干后用去壳机打掉内果皮来获得咖啡豆。最后一样是挑选掉瑕疵豆。
厌氧处理在近几年真的超级流行！但是哦，厌氧处理其实只是处理过程中的一个步骤，厌氧处理前后，依然可以进行水洗、日晒或者蜜处理。厌氧发酵处理法最早诞生于在咖啡处理法上最具想象力的哥斯达黎加，是由咖啡农 Luis Eduardo Campos 在著名的咖啡公司 “ Café de Altura ” 任职时发明，几年后经由 WBC^^ Sasa Sestic 发扬光大。
基本上常见的厌氧处理有两种，一种是单纯密封，依靠空气和咖啡樱桃中的酵母、细菌进行发酵（加入特定的酵母/酵素，就是酵素发酵），发酵的过程中，微生物会先进行大量繁殖，消耗氧气，产生二氧化碳，从而得到厌氧的条件，在厌氧的环境下再进行厌氧代谢，分解糖分形成乳酸或者酒精……这种厌氧发酵的方式中比较广为人知的就是乳酸发酵；
另一种则是将咖啡樱桃放入一个完全密闭的空间中后，向里面注入大量二氧化碳的方式来将氧气排出，彻底杜绝微生物的有氧代谢。
