关于一休的身世，也是十分传奇了。他的父亲就是北朝的后小松天皇，母亲是南朝大臣藤原氏的女儿，一休的母亲进入皇宫并得到了后小松天皇的宠爱，引起了很多人的不满，大臣和宫里人纷纷向天皇说一休母亲的坏话，有人说她想匡复南朝，还有的说她接近天皇是想刺杀天皇。不禁想到古代多说的红颜祸水，一个女人，又能怎样祸国殃民呢？
很多人只知道，日本皇室万世一系，却不知道在日本历史上，曾经和中国一样，出现过南北朝时期。日本的南北朝是权力斗争的结果，但两个天皇都是来自同一个家族。尽管后来日本再次统一，并由北方势力收编了南方，但南方似乎才是日本皇室的正宗。南朝不但代表着日本传统旧势力，还拥有着代表日本神权的三件神器。这点，就是明治天皇也不得不承认。而一休的身世正和这两个朝廷有关。
原来，当时的南方势力为了不被历史赶下舞台，居然派出了一位美女前去刺杀北朝的天皇，而这个女人就是一休的妈妈。她的身份有人说是南方天皇的女儿或亲信，她的任务就是依靠自己的美色和智慧去接近并刺杀北朝天皇。一休的妈妈就这样带着艰巨的任务和伟大的决心进入了北朝皇宫。可惜的是，在她没刺杀天皇之前，自己先被人刺了一枪。就这样，她暴露了，并怀了我们聪明的一休。
而当时日本实际掌权者是日本的第二个幕府将军足利义满，天皇并没有实权。所以，也有人说，其实，一休的妈妈真正要去刺杀的正是这个日本的曹操足利义满。这样推测，一休就可能是足利义满的儿子，但名义上他还是天皇的私生子。所以，这也是动画片里一休和将军一直纠缠不清的主要原因。如果一休真的是日本天皇的儿子，尽管他是庶出，他也很难活命。至于，一休的妈妈和天皇，因为他们都没有实权，所以是死是活都没有多大意义了。
