地上茎薄荷的地上茎可分为两种，一种叫直立茎，方形，颜色因品种而异，有青色与紫色之分。它的主要作用是着生叶片，产生分枝，并把根和叶联系起来，把根系从土壤中吸收的水分和养分输送到叶片，同时把叶片的光合作用产物运至根部的输导通道，其上有节和节间，节上着生叶片，叶腋内长出分枝。
茎的表面虽也有少量油腺，但精油含量极微（茎秆鲜品出油率为0。001%～0。004%）。另一种叫匍匐茎，它是由地上部直立茎基部节上的芽萌发后横向生长而成，其上也有节和节间，每个节上都有两个对生的芽鳞片和潜伏芽，匍匐于地面而生长，有时其顶端也钻入土中继续生长一段时间后，顶芽复又钻出土面萌发成新苗；也有的匍匐茎顶芽直接萌发展叶并向上生长成为分枝。
匍匐茎的颜色、数量、长度和粗细，常因品种和生长条件的不同而变化。2。地下茎又称地下根茎，外形如根，故习惯上常称为种根。通常当地上部直立茎生长至一定（8个节左右）高度时，在土壤浅层的茎基部开始长出根茎，随后逐渐生长增多。第一次收割后，这些地下根茎在水分适合的条件下又萌发出苗（即二刀苗），生长至一定阶段又再长出新的种根，即成为秋播时的材料。
地下根茎上也有节和节间，节上长出须根，每一个节上也有两个对生的芽鳞片和潜伏芽，水平分布的范围可达30cm左右，垂直入土深度较小，大部分集中在土壤表层10cm左右的范围内。
