区别主要体现在以下几个方面：
1. 成分：微生物菌剂是目标微生物(有效菌)经过工业化生产扩繁后，利用多孔的物质作为吸附剂(如草炭、蛭石)，吸附菌的发酵液加工制成的活菌制剂。而复合微生物肥料是指特定微生物与营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或改善农产品品质的活体微生物制品。
2. 功能：微生物菌剂具有直接或间接改良土壤、恢复地力、预防病害、维持根际微生物区系平衡和降解有毒害物质等作用。而复合微生物肥料除了具有微生物菌剂的功能外，还能提供植物所需的营养物质，如N+P2O5+K2O、中微量元素、生物菌体蛋白、有机质、活性炭、活性钙、腐殖酸等。
3. 菌种纯度：微生物菌剂里面的菌种纯度高，有效活菌数含量≥2亿/克。而复合微生物肥料一般是有效活菌数≥2000万/克。
总的来说，微生物菌剂主要作用是改良土壤和预防病害，而复合微生物肥料则是在此基础上提供植物所需的营养物质，提高农产品的产量和品质。
区别是微生物种类多少。复合微生物菌剂的微生物种类较多，一般都是3～5种有益的微生物混合在一起， 组成复合微生物菌剂。而微生物菌剂没有说明含有多少种类，只是说明它是微生物菌剂，这种情况多是单一菌剂。
