目前市面上许多新风机过滤系统使用HEPA高效滤网，对微粒的捕捉能力较强、净化效率高、对0.3微米的粒子净化率高达为99.97%。HEPA过滤器由一叠连续前后折叠的亚玻璃纤维膜构成，其滤净效能与其表面积成正比。较为常见的“粗效 HEPA高效 活性炭”的组合方式也逐渐应用在新风机的过滤系统。
首先，初效滤网主要过滤空气中的大颗粒物，例如沙子、头发等；中效滤网过滤级别更高，过滤效果也更好，能够有效滤除更小的颗粒物，例如灰尘、花粉、绒毛、烟灰等；滤网过滤效果非常好，可以过滤微细颗粒物，例如PM.10等；高效滤网则作用PM2.5等更细微的污染物。三种过滤都是物理拦截，都需要适当地清理或除尘等，以提高使用效果。
新风的过滤采用外循环净化，在此过程中室外的脏空气一直在高强度持续的过滤，这使得HEPA过滤网很容易挤满污垢，导致新风机失去作用，与口罩的使用情况相似，用了一段时间就得扔掉，上面吸附的都是病毒细菌，还会导致二次污染，所以新风系统的滤芯必须适时更换滤芯。
当集尘网表面上灰尘多了，除尘效果就会明显下降：全新的静电除尘模块过滤效果可能达到80~90%，而且反复清洁了几次之后效果已恢复不到原来状态。因此，需要定时维护物理过滤的新风机只要半年到一年更换滤网，方可继续使用且能够保证过滤效果。
其次，活性炭滤网对于空气中的有害气体具有超强的吸附能力，可以有效将有害气体吸附分解。吸附催化滤网则主要对空气中的一些有害气体，包括汽车尾气、化工厂废气、异味等静电除尘滤网是一种可以反复使用的、可洗的滤网，后期使用成本低。对于室外的汽车尾气、异味、臭氧、化工厂废气等有害气体却没有引起重视但实际上，吸附催化滤网十分重要：如果没有它，新风机就会将室外的所有有害气体不经过任何过滤送入到房间里，这对家人的健康可能造成很大的危害。
总之，在新风机使用的过程中需要适时（定期）检查过滤系统、进风和排风系统的运行情况，及时清理进出风口的异物以促进空气流通，定期更换过滤器以保证过滤效果，而且在使用、检查的过程中须注意安全！
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