《秘密列车》的结局是紧张而充满悬念的。在最后一阶段的任务中，龙飞再次承担起护送杨教授和谢宝音到核基地的重任。然而，谢宝音却在此时对龙飞下毒，企图破坏护送计划。幸运的是，这一阴谋被辛红羽及时发现，但遗憾的是，辛红羽还是未能幸免于难，遭到了谢宝音的毒手。
在谢宝音准备对杨教授下毒手的危急时刻，龙飞及时赶到，成功阻止了她的行动，使杨教授再次逃过一劫。经过一系列的艰难困苦，杨教授最终安全抵达了核研究基地，完成了这一重要任务。
通过对谢宝音的审讯和辛红羽留下的线索，龙飞和肖克发现了伍星挟持的人质——谢宝音的女儿谢甜甜。在解救谢甜甜的过程中，护送任务取得了阶段性的胜利。然而，此时案件却再次变得扑朔迷离，疑点重重。小汪的死和火车上的假杨佑亭都揭示了内部存在奸细，张刚成为了龙飞等人的怀疑对象。
经过巧妙的设计和推理，龙飞和肖克成功揭露了张刚的特务身份。然而，在审讯过程中，张刚提出了交换条件，使得案件的真相更加扑朔迷离。就在此时，郑菊村见形势不妙，决定杀害张刚和小费，以嫁祸给龙飞。龙飞因此陷入困境，身陷重围，无法自证清白。
此时，唯一能够指证郑菊村的人就是谢甜甜。然而，郑菊村为了保守自己的特务身份，不顾女儿的生命安全。幸运的是，龙飞等人及时赶到，成功解救了谢甜甜，揭穿了郑菊村的罪行。最终，龙飞等人完成了护送核专家的任务，保卫了国家的安全。
《秘密列车》的结局展示了龙飞等人在面对重重困难和内奸时，坚定信念、勇往直前的精神风貌。他们通过智慧、勇气和团结合作，成功化解了危机，保卫了国家的利益。整个故事以紧张刺激的情节和扣人心弦的氛围贯穿始终，让观众在观看过程中感受到了正义与邪恶的较量以及保卫家园的坚定信念。
