元气少女缘结神的结局是

无法净化蔓延整座神恶的瘴气，奈奈生失去当一个土地神的自信，伤心的离开御影神社。

在巴卫跟瑞希找遍整个镇上都不见奈奈生的当下，奈奈生却决定再一次去净化瘴气而往神社出发。可是越来越浓的瘴气让树木枯萎，让御影神社彷佛又变回了一座废弃神社。为了净化土地，奈奈生开始跳巴卫教给她的神乐。