黄河里面有以下保护鱼种：
1、北方铜鱼：（保护等级一级）为鲤形目、鲤科、铜鱼属的淡水鱼类，又叫黄河鸽子鱼、鸽子鱼、尖嘴、沙嘴子、黄头鱼等，为我国特有的鱼类。生活在水域中下层，喜欢栖息于河湾、水底的乱石区、水流较缓慢的水体，常成群活动。冬季潜伏于深水处的岩石下或深水内，开春溯游产卵。
北方铜鱼主要食物为底栖动物，水生昆虫、小鱼虾、植物碎屑、小螺蚌等，喜欢在混浊的深水区觅食。分布于黄河水系，以兰州、宁夏的青铜峡一带的中上游河段为多。主要分布在甘肃靖远至宁夏中卫一带约200公里的黄河河段。
2、大鼻吻鮈（jū)：（保护等级二级）为辐鳍鱼纲、鮈亚科、吻鮈属的淡水鱼类，又叫土耗儿。成年鱼体长约25公分左右，腹部肥大，眼有红圈，全身淡红鲜亮，而且泛出银白色的光泽，侧看酷似一只鸽子，故称鸽子鱼。
大鼻吻鮈分布于黄河水系等，主要在甘肃。由于滥捕、环境污染等多方面因素的影响，鸽子鱼数量急剧下降。近年来，随着黄河宁夏段休渔政策的实施以及一系列抢救性保护措施，黄河宁夏段鸽子鱼重现。
3、平鳍鳅鮀（tuó ）：（保护等级二级）属于鲤科、鳅鮀亚科、鳅鮀属、平鳍鳅鮀又称八根胡子鱼、狗鱼等。为底栖鱼类，生活在水底的下层，或者是多砂和砾石的水底，喜欢匍匐在水底。
平鳍鳅鮀对环境要求比较高，1950年在兰州黄河段浅水区时常捕获，1960年河流发生较大变化，加之污染，种群数量越来越少，如今已很难见到。为我国特有种类，仅分布于甘肃省兰州到陇中一带的黄河干支流中。
4、骨唇黄河鱼：（保护级别二级）为鲤形目、鲤亚目、鲤科、裂腹鱼亚科、黄河鱼属，又称大嘴鳇鱼、鳇精、小花鱼、黄河鱼等。主要以着生硅藻和昆虫为食。生活于高原海拔3000-4300米的宽谷河段和湖泊中。
由于性成熟时间长（4年）产卵量低，水电站的修建等因素影响，造成骨唇黄河鱼，种群大减。仅分布于青海省龙羊峡以上的黄河上游及其支流的白河和黑河。
5、极边扁咽齿鱼：（保护级别二级、仅限野外种群）为鲤科、扁咽齿鱼属鱼类，又称扁咽齿鱼、小嘴巴鱼、鳇鱼、草地鱼等。冷水性鱼类，已经适应高寒天气。栖息在缓流的水下层，主要以水生植物腐屑和藻类为主，偶而也食浮游动物和摇蚊幼虫。
极边扁咽齿鱼仅见于黄河上游青海省，海拔约3380米的玛曲县到扎陵湖、鄂陵湖、星宿海及约古宗列曲等干支流，在扎陵湖为优势种。
