一、颜色不同，青柠檬并非不成熟，而是柠檬中的一个独立的品种，从挂果直到成熟，其表皮都是青色的而且比较光滑。进口的小青柠成熟后的果肉碧绿如玉，国产青柠成熟后的果肉像西柚，有点绿中带黄的感觉。
二、两者的营养成分基本相同，但是青柠檬中的柠檬酸和维生素C的含量略高于黄柠檬。
三、两者味道不同，青柠檬的香味稍浅淡，国产青柠檬成熟果肉的酸味也不重，且回味当中稍含苦涩感。进口的小青柠成熟后的果肉，味道非常酸，黄柠檬的香味比较浓郁、成熟，果肉也非常酸。
四、用途不尽相同，青柠檬相对于黄柠檬，果汁更多，皮也略薄，最适合榨汁饮用，制成酸味比较浓郁的果汁或饮料。在泰国或东南亚的菜品中，经常被当作调料使用，与鱼类一起烹煮可以去腥味，与肉类一起烹煮能够让肉质更加鲜美。大家在生食海鲜类食物时，如三文鱼片、八角鱼或其它鱼片，经常会放一些柠檬，这样的主要作用是去腥和提鲜，可以使肉质更加鲜嫩。
黄柠檬的维生素含量更高；青柠檬维生素c含量更高。
柠檬中含有大量的维生素c，很多女性都会用柠檬泡水喝，具有美容养颜、美白、防纹除皱、抗氧化的作用。
总体来讲，黄柠檬和青柠檬的营养价值差不多，相比而言，青柠檬含有更多的维生素c，果酸比例较高，吃起来更酸；黄柠檬维生素含量要比青柠檬高，特别是新鲜的柠檬，具是促进消化的作用。
柠檬泡水建议不要使用40度以上的热水，以免高温破坏柠檬中的维生素c，降低其营养价值。柠檬搭配口味浓重的菜肴，可以增加口感，比如与鱼搭配，可减少鱼的腥味；与肉搭配，可以使肉更加松软。
