以DNA序列为检测对象,其在个体发育过程中不会改变。同种生物不同生长时期的DNA序列信息是相同的。同种生物不同生长时期的DNA序列信息是相同的,即经过加工,形态发生变化,而DNA序列信息不会改变,较之传统的方法,扩大了检测样本范围;同时样本部分受损也不会影响识别结果。
可进行非专家物种鉴定。该技术是机械重复的,只要设计一套简单的实验方案,经过简单培训的技术员即可操作。
准确性高。特定的物种具有特定的DNA序列信息,而形态学鉴别特征会因趋同和变异导致物种的鉴定误差。
通过建立DNA条形码数据库,可以一次性快速鉴定大量样本。
DNA条形码技术的优点：
（1)DNA条形码技术是传统识别技术的有效补充。
（2）建立统一的DNA条形码数据库，有利于物种鉴定的规范化。
（3）通过DNA条形码数据库的建立，可快速识别大量样本，从而促进分类学的快速发展。
（4)DNA条形码技术有利于新物种的开发利用。
（5)DNA条形码技术有利于生物多样性的保护。在快速完成物种区别和鉴定的同时，DNA条形码技术也可以发现新物种和隐匿种，并且可以重建物种和高级分类阶元的演化关系。
（6)DNA条形码技术有助于缓解专业人员短缺的现状。
（7)DNA条形码技术可为物种的流通管理带来新的变革。
DNA条形码技术缺点：
1.地球上物种繁多，有效数据资料匮乏，而被DNA条形码编码的数据资料更少。首先，针对不同的鉴定目的，条形码基因组区域的选择不同。不同物种及同种亚型DNA条形码的选择差异也较大。针对物种的特异性可选择不同的DNA片段来进行种属鉴定。不同区域的进化保守程度不同，采用单一基因片段鉴定有限，必要时可联合使用多个DNA片段、多种方法综合鉴定。
2.由于世界各地科学家使用的扩增引物不统一，得到的部分数据有差别，不具有可比性，难以起到物种比对鉴定的目的。
3.由于不同国家的科学家对物种的命名有差异，导致数据库中资料混杂，在实际应用中也会引起混淆，给鉴定工作带来困难。
